《秘密授课》是一部奇幻冒险漫画，讲述美术讲师苏染拥有一种特殊能力——他在黑板上画出的任何事物，都会在二十四小时内变成现实。这让他成为多方势力争夺的目标，也让他被迫为政府机构秘密授课，培训一批“现实画家”用以维护城市秩序。然而苏染发现自己画出的东西总是会在第三天出现“反向畸变”——美好的事物转为灾厄，治愈的图景变成诅咒。他开始调查这种“画债”的源头，逐渐发现自己的能力来自百年前一位同样名为苏染的宫廷画师，而那位画师曾画下过一张不该存在的世界地图。
苏染找到了百年前那位画师的日记，原来每一次能力传承者都会在画出“完整世界地图”后消失。苏染望着画了一半的地图，笑着撕掉了它，决定活成自己而非复刻他人。
苏染画的一座公园在第三天变成了荆棘迷宫，困住了数百名市民。他冲进迷宫中心，发现畸变的源头是一朵他随手画的小花——它吸收了太多负面情绪长成了巨怪。
一群“能力猎手”夜袭授课大楼，企图绑架苏染。苏染在墙壁上飞速画了一扇门，带着学生们从门里逃到了城市的另一端，留下面面相觑的猎手。
苏染授课的学生中有一人画出了会动的纸鹤，有一人画出了飘香的面包，但苏染发现他们画画时必须使用同一支他专用的炭笔，否则画出的东西毫无效果。
苏染被迫开始秘密授课，第一天他在黑板上画了一杯咖啡，结果第二天全班每人都收到了一杯外卖咖啡，送餐小哥说是“来自画中的订单”。
苏染在深夜孤独地在画室里画了一只蝴蝶，第二天他惊讶地发现那只蝴蝶竟然从画纸上飞了出来，停在他的肩头。他还来不及高兴，窗外就传来警笛声。